В рамках выездной проверки инспектора могут назначить экспертизу. Экспертиза проводится в тех случаях, когда требуются специфические знания в предмете, науке или искусстве. Например, когда компания закупает и продаёт высокотехнологичное оборудование.  Для этого выносится постановление, где указываются: основания для экспертизы, фамилия эксперта, компания, вопросы для изучения, материалы, предоставляемые в распоряжение эксперта.

Эксперту возможно заявить отвод и посоветовать инспекции своего. Представителям компании разрешается присутствовать при проведении экспертизы и знакомиться с её результатами.

В результате оформляется экспертное заключение, либо сообщение о невозможности дать заключение.

Проверяющие также могут назначить дополнительную экспертизу, если первое заключение недостаточно полно и ясно. Эксперта, давшего заключение, налоговики вправе привлечь к рассмотрению материалов налоговой проверки.